Usa ka bag-o nga pagtuon nga gipatik saMikrobiomanagpahigayon og viral metagenomic analysis sa 846 ka ihalas nga gagmay nga mga mammal—lakip ang mga kabog, ilaga, ug mga shrew—nga nakolekta sa Sierra Leone, West Africa. Ang pagtuon nakaila sa kinatibuk-an nga 39 ka mammal-associated RNA virus, nga gilangkoban sa 26 ka nobela ug 13 ka nailhan kaniadto nga mga virus. Taliwala niini, ang pamilyang Paramyxoviridae nagpakita sa labing taas nga diversity, samtang ang mga ilaga adunay labing daghang gidaghanon sa mga viral species (n = 26).
Ang pagtimbang-timbang sa risgo sa zoonotic nagbutyag sa tulo ka nailhan nga zoonotic virus—encephalomyocarditis virus, Lassa virus, ug Rocahepevirus sp.—ingon man tulo ka virus nga adunay potensyal nga risgo sa pagkaylap: Melian virus, rodent hepatitis virus, ug Hunnivirus A. Ilabi na, taliwala sa bag-ong nailhan nga mga virus, ang Bat ledantevirus 2 nagpakita sa pinakaduol nga phylogenetic nga relasyon sa Le Dantec virus nga nakatakod sa tawo. Ang serological analysis dugang nga nakamatikod sa mga neutralizing antibodies batok niini nga virus sa 2.8% sa mga lokal nga residente, nga nagsugyot sa nauna, lagmit wala mamatikdi, nga pagkaladlad sa tawo.
Kini nga mga nakaplagan nagpasiugda sa presensya sa usa ka dakong viral reservoir nga gidominar sa mga ilaga sa West Africa ug nagpasiugda sa kritikal nga kamahinungdanon sa integrated surveillance strategies sa interface sa tawo-hayop. Ang paghiusa sa metagenomic screening uban sa serological validation naghatag og lig-on nga balangkas alang sa pag-ila sa mga virus nga adunay zoonotic ug spillover potential.
Sulod sa miaging dekada, kapin sa 60% sa mga bag-ong sakit nga makatakod sa mga tawo naggikan sa mga hayop, diin ang mga kabog, ilaga, ug mga shrew giila nga mga pangunang host sa mga zoonotic virus. Ang Africa kaylap nga giisip nga usa ka hotspot alang sa mga sakit nga zoonotic. Pananglitan, ang Sierra Leone nagtaho og kapin sa 28,000 ka mga kaso atol sa 2014–2016 nga pag-ulbo sa Ebola.
Bisan pa sa dakong palas-anon sa mga sakit nga zoonotic niining rehiyon, ang pagkalainlain ug pag-apod-apod sa mga virus sa ihalas nga gagmay nga mga mammal nagpabilin nga dili igo nga mailhan. Aron matubag kini nga kakulangan, ang mga tigdukiduki nagpahigayon og sistematikong pag-analisar sa virome sa 846 ka ihalas nga gagmay nga mga mammal nga nadakpan sa tulo ka mga lugar sa Sierra Leone tali sa 2018 ug 2023. Ang pagtuon nagtumong sa pag-ila sa pagkalainlain sa virus, pag-ila sa mga kandidato nga adunay potensyal sa pagpasa sa cross-species, pagtimbang-timbang sa risgo sa zoonotic, ug pagmugna og ebidensya aron suportahan ang mga sistema sa sayo nga pasidaan alang sa mga bag-ong sakit nga makatakod.
Mga Pangunang Pamaagi
Ang pagtuon migamit ug komprehensibo nga viral metagenomics workflow:
- Pagproseso sa sampol:Ang mga tisyu sa kasingkasing, atay, pali, baga, ug kidney gikolekta, gihiusa, gi-homogenize, ug gipailalom sa total RNA extraction.
- Pagkasunod-sunod ug pag-assemble:Ang ribosomal RNA depletion gihimo sa wala pa ang pagtukod sa library, gisundan sa high-throughput sequencing gamit ang Illumina NovaSeq 6000 platform. Ang mga viral contig gi-assemble de novo.
- Pag-ila sa virus:Ang mga virus giila base sa RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) gene alignment. Ang mga vertebrate-associated virus lamang ang gipabilin, wala gilakip ang bacterial, fungal, ug plant virus.
- Pag-analisar sa Bioinformatika:Gihimo ang phylogenetic reconstruction, recombination analysis, cross-species transmission network modeling, ug zoonotic risk assessment.
- Serological nga pag-validate:Usa ka VSV-based pseudovirus neutralization assay ang gihimo para sa Bat ledantevirus 2. Nakit-an ang mga neutralizing antibodies sa 2.8% sa sera sa tawo, nga naghatag og ebidensya sa posibleng zoonotic transmission.
PagtuonMga Resulta
1. Pagdiskobre ug Pagkalainlain sa Viral
Kini nga pagtuon nagpahigayon og transcriptomic sequencing analysis sa 846 ka ihalas nga mga hayop nga nakolekta sa Sierra Leone, lakip ang mga ilaga, kabog, ug mga shrew. Base sa kompletong RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) gene sequences, usa ka total nga 39 ka mammal-associated RNA viruses ang nailhan, nga gilangkoban sa 13 ka nailhan nang mga virus ug 26 ka nobela nga mga virus.
Kon bahin sa komposisyon sa virus, ang pamilyang Paramyxoviridae nagpakita sa pinakataas nga lebel sa pagkalainlain sa tanang tulo ka host order, gisundan sa Astroviridae ug Picornaviridae. Mahitungod sa distribusyon sa host, ang mga ilaga nakatampo sa pinakadako nga pagkalainlain sa virus, nga adunay total nga 26 ka klase sa virus, nga nagpakita sa ilang prominenteng papel isip mga reservoir sa pagkalainlain sa virus sa rehiyon.
2. Risgo sa Zoonotic
Ang pagtimbang-timbang sa risgo sa zoonotic nakaila sa tulo ka nailhan nga mga virus sa zoonotic: encephalomyocarditis virus, Lassa virus, ug Rocahepevirus species. Dugang pa, tulo ka mga virus—Melian virus, rodent hepatitis virus, ug Hunnivirus A—ang giila nga adunay potensyal nga risgo sa pagkaylap.
Sa 26 ka bag-ong nadiskobrehan nga mga virus, upat ang gitagna nga adunay taas nga zoonotic potential base sa phylogenetic ug genomic characteristics. Ilabi na, ang Bat ledantevirus 2 nagpakita sa pinakaduol nga phylogenetic nga relasyon sa nailhan nga Le Dantec virus nga nakatakod sa tawo.
Ang sunod nga imbestigasyon sa serological misuporta niini nga nakaplagan, tungod kay ang mga neutralizing antibodies batok sa Bat ledantevirus 2 nakita sa 2.8% sa sera gikan sa mga lokal nga residente. Kini nga resulta nagsugyot nga ang wala mailhi o walay sintomas nga mga impeksyon mahimong nahitabo na sulod sa populasyon sa tawo, nga nagpakita sa usa ka potensyal apan wala pa mamatikdi nga zoonotic transmission pathway.
3. Dinamika sa Pagbalhin sa Nagkalainlaing Espesye
Ang pag-analisa sa pagpasa sa sakit sa lain-laing klase sa hayop nagpakita nga ang mga ilaga nag-okupar sa usa ka sentral nga posisyon sulod sa viral sharing network, nga nagsilbing mga importanteng node nga nagpadali sa pagbayloay og virus tali sa mga host species. Usa ka total nga 15 ka mga virus ang giila nga adunay potensyal alang sa pagpasa sa sakit sa lain-laing klase sa hayop.
Ang dugang nga pag-analisar sa cross-order transmission patterns nagpakita nga ang viral sharing mas kanunay nga nahitabo taliwala sa mga host sulod sa parehas nga taxonomic order, nga nagsugyot nga ang host relatedness adunay importante nga papel sa transmission dynamics. Sa kasukwahi, ang mga kabog nagpakita og medyo ubos nga kapasidad alang sa cross-order transmission.
Importante nga naobserbahan ang ebidensya sa pagpalapad sa range sa host sa pipila ka mga virus. Pananglitan, ang Melian virus, nga kaniadto giisip nga espesipiko sa mga shrew, nakita usab sa mga ilaga niini nga pagtuon, nga nagpakita sa usa ka potensyal nga pagbag-o sa pagkaangay sa host ug usa ka dugang nga peligro sa mas lapad nga transmission.
Mga Konklusyon ug mga Implikasyon sa Panglawas sa Publiko
- Taas nga pagkalainlain sa virome sa ihalas nga gagmay nga mga mamalya:Ang pagkadiskobre sa 39 ka RNA virus, lakip ang 26 ka bag-ong espisye, nagbutyag sa usa ka dakong tipiganan sa virus sa rehiyon ug nagtaho, sa unang higayon, sa bag-ong mga virus nga adunay taas nga zoonotic potential (pananglitan, Bat ledantevirus 2).
- Mga ilaga isip prayoridad nga target sa pagpaniid:Ang mga ilaga nagsilbing pangunang sentro sa pagpasa sa virus ug nagdala sa labing taas nga viral diversity, nga nagrepresentar sa labing dako nga risgo sa pagkaylap.
- Panginahanglan alang sa hiniusa nga mga estratehiya sa pagpaniid:Ang mga nakaplagan nagsuporta sa pag-una sa mga ilaga sa aktibong mga programa sa pagpaniid ug pagpatuman sa integrated approaches nga naghiusa sa metagenomics, serology, ug ecological monitoring sa mga interface sa tawo-wildlife.
Sa kinatibuk-an, kini nga pagtuon naghatag ug kritikal nga ebidensya aron suportahan ang mga sistema sa sayo nga pasidaan ug mga balangkas sa pagtimbang-timbang sa peligro alang sa mga nag-uswag nga mga sakit nga zoonotic, nga nagpalig-on sa kamahinungdanon sa proactive nga pagpaniid sa mga rehiyon nga taas ang peligro.
Impormasyon sa Produkto
Oras sa pag-post: Mar-23-2026